Biologická psychiatrie se zabývá duševními poruchami a poruchami chování především z hlediska přírodovědného, tzn. že hledá, zkoumá a vysvětluje jejich příčiny, důsledky a možnosti léčby na základě pozorování změn fyzikálních, chemických, genetických a molekulárně biologických procesů v organismech. Z tohoto hlediska jsou zřejmě nejčastěji a nejdůkladněji studovány afektivní poruchy (poruchy nálady). Svědčí pro to velké množství teorií a hypotéz pokoušejících se vysvětlit podstatu vzniku a léčby těchto duševních poruch na základě změn v přenosu nervového signálu v mozku. V této práci je uveden přehled nejvýznamnějších biochemických hypotéz afektivních poruch, které vznikly od objevu antidepresívně působících látek v 50. letech. Zdroje poznatků vedoucích k formulaci těchto hypotéz se nacházejí především v oblasti biologické, imunoneuroendokrinní a neurochemické. Přes veškerou snahu však není dosud jasné, jaké jsou molekulární mechanismy vedoucí k terapeutickým účinkům antidepresív a zda existuje společná primární příčina vzniku afektivních poruch. Pokrok v tomto směru si lze představit pouze přes hlubší pochopení normálních funkcí mozku, navrhování nových hypotéz a jejich experimentální ověřování.
Hlavní pozornost je v práci věnována neurochemickým hypotézám, které vycházejí z poruch v dostupnosti neuromediátorů, v afinitě, počtu a senzitivitě odpovídajících receptorů a v postreceptorových procesech vyvolaných vazbou agonistů. Významné místo však mají také biochemické hypotézy zaměřené na poruchy v transportu iontů přes buněčnou membránu, na výskyt určitých endogenních látek při depresi nebo na změny složení a vlastnosti lipidové části synaptických plasmatických membrán. Východiskem pro formulaci a ověřování hypotéz o molekulárních mechanismech provázejících vznik nebo terapii afektivních poruch jsou hlavně mechanismy účinků některých psychotropních látek; proto jsou popsány také biochemické procesy v neuronech ovlivněné podáváním antidepresív.